Arrêt maladie : les documents et contrôles à connaître depuis septembre 2026
Formulaire sécurisé, prolongation et contrôle de présence : ce qui change pour les agents publics, et les points à vérifier avant toute interruption de rémunération.
Un arrêt reste d’abord une prescription médicale
La réforme des congés pour raison de santé ne transforme pas le responsable de service en médecin. Elle modifie toutefois les démarches et les contrôles. Pour l’agent, l’enjeu est de respecter la prescription, transmettre les bons documents et garder les preuves utiles, sans diffuser son diagnostic au service.
Les règles nouvelles
Depuis le 1er septembre 2026, les arrêts papier doivent être établis sur un formulaire Cerfa sécurisé.
La prescription initiale est plafonnée à 31 jours et chaque prolongation à 62 jours, avec les dérogations médicales prévues.
Ces plafonds de prescription ne doivent pas être confondus avec la durée totale des droits à congé.
Faire attention aux prolongations
Les nouvelles règles lient le maintien de rémunération à la prolongation par le prescripteur initial, sous réserve des exceptions prévues, notamment lorsqu’il est impossible d’y recourir.
Si votre médecin est indisponible, faites identifier les justificatifs nécessaires avec le professionnel consulté et le service gestionnaire.
Ne laissez pas la situation sans explication écrite.
Contrôle médical et contrôle administratif ont des objets différents
Le contrôle médical porte sur la justification ou les conditions médicales du congé.
Le contrôle administratif peut vérifier la présence au domicile ou au lieu de repos lorsque la prescription impose cette présence.
Une absence injustifiée ou un refus peut avoir des conséquences sur la rémunération. Une possibilité de sortie ne s’apprécie pas indépendamment des mentions de l’arrêt.
FPT et FPE : un socle commun, des droits de paie distincts
La réforme concerne les fonctionnaires et les contractuels selon les textes applicables à leur situation. Elle ne rend pas identiques les durées de maintien de traitement, les primes ou le rôle de la caisse d’assurance maladie.
Le réflexe CFDT
Conservez une copie de l’arrêt, la preuve de transmission, les convocations et les réponses apportées.
Si une retenue est annoncée, demandez sa base, sa période et les faits reprochés ; faites vérifier les justificatifs et les voies de contestation.
Une difficulté de procédure mérite une réponse précise, sans banaliser les obligations de l’agent.
Sources et repères
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