Arrêt maladie : quelle perte de salaire en CMO, CLM ou CLD ?

Pendant un arrêt maladie, le traitement, le supplément familial de traitement (SFT), la nouvelle bonification indiciaire (NBI) et les primes ne sont pas forcément payés au même taux. Voici ce qui change pour les fonctionnaires de l’État (FPE) et des collectivités territoriales (FPT).
1. Congé de maladie ordinaire (CMO)
Élément | Ce qui est versé |
Traitement indiciaire | 90 % pendant les 3 premiers mois de droits, puis 50 % pendant les 9 suivants, en tenant compte des congés déjà pris sur les 12 mois précédents. |
NBI | 90 % pendant les 3 premiers mois, puis 50 % pendant les 9 suivants. |
SFT et indemnité de résidence | Maintien à 100 % des droits dus pendant le congé. |
Primes | FPE : en principe 90 %, puis 50 % pour les primes concernées. FPT : consulter la délibération de la collectivité. |
Un jour de carence est en principe appliqué au début de chaque nouvel arrêt, sauf exceptions prévues par la réglementation. Le SFT reste versé ce jour-là si vous y avez droit.
2. Congé de longue maladie (CLM)
Élément | Ce qui est versé |
Traitement indiciaire | FPE : 100 % pendant 1 an, puis 60 % pendant 2 ans. FPT : 100 % pendant 1 an, puis 50 % pendant 2 ans. |
NBI | Même pourcentage que le traitement selon le versant, tant que l’agent n’est pas remplacé dans ses fonctions. |
SFT et indemnité de résidence | Maintien à 100 % des droits dus pendant le CLM. |
Primes | FPE : en principe 33 % pendant la première année, puis 60 % pendant les deux suivantes pour les primes concernées. FPT : règles de la délibération. |
3. Congé de longue durée (CLD)
Élément | Ce qui est versé |
Traitement indiciaire | 100 % pendant 3 ans, puis 50 % pendant 2 ans (FPE et FPT). |
NBI | La NBI n’est plus versée pendant le CLD. |
SFT et indemnité de résidence | Maintien à 100 % des droits dus pendant le CLD. |
Primes | FPE : les primes concernées ne sont plus versées. FPT : les règles sont fixées par délibération. |
Attention : « SFT maintenu à 100 % » signifie que le droit au SFT continue. Son montant doit toujours correspondre à la situation familiale et aux règles de calcul applicables. Si la NBI cesse, demandez à la paie de vérifier si cela modifie la base de calcul de la part proportionnelle du SFT.
4. Et pour les agents contractuels ?
Les contractuels ne relèvent pas automatiquement de ces tableaux : leurs congés, leur maintien de rémunération et les indemnités journalières de Sécurité sociale dépendent notamment du versant, de l’ancienneté et de la situation médicale. Ils ne bénéficient pas de la NBI statutaire. Il faut contrôler si l’employeur complète les indemnités journalières et éviter de les compter deux fois.
5. Exemple simple pour comprendre la perte
Pour un fonctionnaire percevant 2 000 € de traitement indiciaire brut, le passage à 90 % correspond à 1 800 € pour un mois entier : 200 € bruts de moins sur cette ligne. Mais ce calcul ne représente pas la perte totale sur le bulletin : la NBI et les primes peuvent aussi baisser, alors que le SFT et l’indemnité de résidence sont maintenus selon leurs règles.
6. Comment vérifier son bulletin ?
Identifiez le congé exact et les droits déjà consommés, puis comparez séparément les lignes « traitement », « NBI », « SFT », « indemnité de résidence » et « primes ». En FPT, demandez la délibération sur le maintien du régime indemnitaire. Vérifiez aussi la prévoyance et son éventuelle prise en charge d’une perte de revenus.
La CFDT Fonction publique revendique la suppression du jour de carence et le retour au maintien intégral de la rémunération en congé de maladie ordinaire.



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